Der Algorithmus für geschichtete Layouts ist ein Feature der FlowChart.NET Professional Edition. Anhand unterschiedlicher Kriterien - wie z.B. Knotenposition, Pfeilrichtung und Pfeil-Layou - gibt er Diagrammknoten in Schichten wieder. Alle verbundenen Knoten werden im Sinne einer optimalen Übersicht in angemessener Nähe zueinander platziert.

Der abgebildete Prozess ist auf äußerst verständliche Art und Weise dargestellt, da die Pfeile - wenn möglich - immer in uniformer Richtung angeordnet werden. Es liegt teilweise an der Platzierung der Pfeile, dass das Diagramm derart elegant aussieht - sie überkreuzen so wenig Ebenen wie möglich und kreuzen andere Pfeile überhaupt nicht.